益生菌粉
活菌發酵相對較原始的型態，因特殊菌種的益生菌本身味道其實不好聞，許多產品就會添加一些調味料來讓風味吃起來比較好吃。
優點: 鋁袋包裝去有較好的避光性且能有效阻隔空氣，增加活菌存活，方便攜出，另可容納較多菌粉數。
缺點： 部分產品會為了好吃添加調味劑，如：果汁粉、蔗糖…等等。
益生菌膠囊
將益生菌粉末外層再包層膠囊的材質，阻隔部分益生菌不好聞的氣味，只是無法阻隔氧氣和水氣。
優點: 使益生菌較不易受到消化環境影，且能阻隔益生菌不好聞的味道，且方便服用。
缺點： 膠囊外殼容易受潮且接觸氧氣，另受膠囊體積限制，單顆膠囊菌數受限。
益生菌錠
因為活菌較脆弱、及錠劑在製作過程中需要高溫高壓、黏著劑來擠壓成型(黏著劑約佔整體的90%)，活菌在過程中容易死亡。
另外受限於體積限制，錠劑每粒所容納的菌數有限。
優點：
- 成人容易吞服
缺點：
- 因錠劑製作需要高溫高壓，製作過程容易造成活菌死亡。
- 含製程所需賦形劑成分，如黏著劑。
益生菌滴劑
益生菌滴劑是由益生菌粉與油混合，但益生菌粉是水溶性，與油脂不相容，容易沉澱在瓶底。 因此，建議「食用前請一定要搖晃均勻」，常見滴劑用於嬰幼兒使用的益生菌，主要以油脂型態包覆益生菌，減少活菌受環境影響。
優點：
- 有油脂保護，能減少活菌受環境影響活性
- 易於嬰幼兒食用
缺點：
- 益生菌粉無法溶於油脂中，容易沉澱於底部，即便每次均勻搖晃，可能滴出的益生菌含量都不一樣
- 重複使用，可能會受外在環境影響穩定性